Служба у Гомзякова протекала не всегда спокойно. В архиве сохранилась тоненькая папка, в которой в деталях описывался случаи, когда палатный ординатор Владивостокского морского госпиталя Гомзяков попал под суд. 27 октября 1908 г., обходя арестованных больных, П. И. Гомзяков каждый раз запирался начальником караула. «Зачем ты меня запираешь, — спросил его врач в первой палате, — разве я хулиган или арестованный?» Ответа он не получил. В другой палате процедура повторилось. «Болван, — сказал раздраженно Гомзяков, — почему вас не обучают, как обращаться с офицерами?» Начальник караула унтер-офицер Богданов ответил ему тоже на повышенных тонах. Разгорелся скандал, в результате которого П. И. Гомзякова отправили на 4 месяца на гауптвахту. В ней не было места для офицеров, и врача послали на транспорт «Тобол» с приставлением часового. Это было незаконно, и Главный военно-морской суд на основании закона отменил наказание. Командование не осталось безучастным и ходатайствовало о смягчении приговора. П. И. Гомзяков очень переживал. «Сознавая свою вину, — писал он, — осмеливаюсь объяснить свои проступок не злым умыслом или намерением оскорбить или унизить караульного начальника, а лишь невольной случайной вспышкой раздражения, вызванного, как и судом признано, повышенным тоном унтер-офицера Богданова». В ноябре 1909 г. Николай II подписал бумагу, что «наказание не является препятствием к награждению».
Писать стихи Павел Гомзяков начал в детстве, и обращался к поэзии в течение всей своей жизни. В 1899 г., например, он выступил на литературном вечере во Владивостоке, посвященном столетию со дня рождения А. С. Пушкина. В 1911 г. увидела свет книга Гомзякова «Библейское наследие», единственный его прозаический опыт. Узнав о плохом положении лепрозория вблизи Николаевска-на-Амуре, П. Гомзяков отправился туда, изложив затем увиденное в цикле очерков, которые и составили книгу. «Написанная живым языком, она давала удивительно меткую и острую характеристику старого Николаевска, его обитателей, сообщала обширные сведения о древнем и страшном заболевании — лепре, — отмечал хабаровский журнал "Дальний Восток". — Автор правдиво рассказал о тяжелом положении лечебницы, отдал должное стойким, самоотверженным людям, выполняющим свой врачебный долг в исключительно трудных условиях. Книга привлекла внимание общественности, способствовала улучшению здравоохранительного дела. Гонорар за книгу был пожертвован автором на нужды лепрозория». К сожалению, эту 15-страничную книгу не найти сегодня в дальневосточных библиотеках, как и двух первых сборников стихов Гомзякова.
В самом начале 1912 г. отец Павла Гомзякова ушел на покой. По этому поводу газета «Приамурские ведомости» писала: «Всю свою многолетнюю, более 50 лет, службу в священническом сане посвятил Приамурскому краю. Здесь он прожил полвека, неустанно трудясь на пользу религиозно-нравственного и учебно-школьного просвещения народа, начиная с совершенно дикого в то время и пустынного севера Якутской области в качестве миссионера. В мае 1907 года праздновал 50-летний юбилей своего служения...»
Иван Степанович Гомзяков умер 16 марта 1923 г. в Хабаровске и был похоронен в ограде Иннокентьевской церкви.
С 16 июля 1912 г. Павел Гомзяков служил старшим врачом Либавского флотского полуэкипажа, затем в Гельсингфоргском и Архангельском портах. Последняя его должность — старший врач УбекоСевер (управление по безопасности кораблевождения). В последних документах послужного списка отмечается членство П. И. Гомзякова в общественных организациях: «В политических партиях не состоял. В обществе морских врачей Владивостокского и Либавского портов. В профессиональном союзе морских врачей в Гельсингфорсе. В профессиональном союзе "Всемедикосантруд" в Архангельске». Последнюю аттестацию дал поэту и врачу начальник Севмора: «Более 20 лет безупречно служил врачом в Морведе, обладает солидными сведениями по медицине, как теоретическими, так и практическими. Все время внимательно и добросовестно и с любовью относился к своему делу. Необыкновенно гуманен с больными. Работая, не считался с усталостью и собственным здоровьем. Помимо обслуживания своей части, охотно шел на помощь всем гражданам, нередко оканчивая работу около полуночи». О последнем годе жизни П. И. Гомзякова имеются отрывистые сведения. Отмечалось, что его отправляли в сопровождении матросов лечиться в Москву. По возвращении в Архангельск он скончался в 1921 г.
О семейном положении поэта послужной список сообщает, что первым браком он был женат на дочери статского советника Лилии Карловне Рюмфон-Лилиетитерн. Этот брак продлился недолго: жена умерла молодой, оставив двух дочерей — Марию, которая родилась 22 октября 1896 г., и Наталью, родившуюся 13 апреля 1898 г. Известно также, что П. И. Гомзяков женился второй раз на дочери статского советника Вере Афанасьевне Яржмбской. Ей он посвятил один из своих поэтических переводов. Детей у них не было, но в семье воспитывалась дочь от первого брака. Что же стало с другой дочерью, неизвестно. Интересно, что племянник поэта Георгий Александрович Гомзяков успешно продолжил занятия медициной. В 1928 г. он окончил Ленинградский институт медицинских знаний. Участвовал врачом в Советско-финской и Великой Отечественной войнах. Многое из опыта фронтового врача легло в научные работы профессора Г. А. Гомзякова. Он скончался в 1969 г. в возрасте 70 лет. Что же касается книг Павла Гомзякова, то некоторые из них сейчас находятся музеях Хабаровска и Владивостока.
Павел Гомзяков откликнулся на 50-летний юбилей Владивостока стихами, опубликованными в поэтическом сборнике «Ad astra», увидевшем свет во Владивостоке в 1911 г. Конечно, не все в них отвечает вкусу взыскательного читателя, но впечатления старожила Владивостока в начале XX века они передают точно.